Fizjoterapia i ortopedia
Rehabilitacja i fizjoterpaia

Warianty TREM2 w chorobie Alzheimera AD 3

Posted in Uncategorized  by admin
April 18th, 2018

Korzystając z macierzy Affymetrix MOE 430 2.0, porównaliśmy poziomy i wzór ekspresji Trem2 w mózgach transgenicznego mysiego modelu choroby Alzheimera13 z tymi u myszy kontrolnych. Sekwencjonowanie Exome
Przygotowanie biblioteki do sekwencjonowania nowej generacji przeprowadzono zgodnie z protokołem przygotowania próbki TruSeq (Illumina). Biblioteki DNA hybrydyzowano następnie z sondami do wychwytywania egzogenów za pomocą NimbleGen SeqCap EZ Human Exome Library, wersja 2.0 (Roche NimbleGen), TruSeq (Illumina) lub Agilent SureSelect Human All Exon Kit (Agilent Technologies). Każda metoda przechwytywania obejmuje locus TREM2. Biblioteki wzbogacone w egzemy zostały zsekwencjonowane w HiSeq 2000 (Illumina).
Przeprowadziliśmy wyrównanie sekwencji i wariant wywoływania przeciwko referencyjnemu genowi ludzkiemu (UCSC hg19). Sekwencje w parzystych sekwencjach (50 lub 100 bp) zostały wyrównane z użyciem modułu wyrównującego Burrows-Wheeler.14 Przeprowadziliśmy podwójne usuwanie odczytów oraz konwersję i indeksowanie formatu za pomocą Picarda (www.picard.sourceforge.net/index.shtml). Wykorzystaliśmy zestaw narzędzi do analizy genomu (GATK) do ponownej kalibracji wyników jakości bazowej, przeprowadzenia lokalnego ponownego ustawiania wokół wstawień i delecji oraz wariantów wywoływania i filtrowania.15,16 Użyliśmy oprogramowania ANNOVAR do opisywania wariantów.17 Wszystkie warianty kodujące białka TREM2 w przypadkach i kontrole zostały sprawdzone w odniesieniu do ustalonych baz danych (projekt 1000 genomów i dbSNP, wersja 134), a patogeniczność została przewidziana in silico za pomocą polimorfizmu fenotypowania, wersja 2 (PolyPhen-2) .18
Sekwencjonowanie genomu
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie genomu w próbkach pobranych od 215 zdrowych osób w Cache County Study of Memory in Aging, serii obejmującej 5092 mieszkańców Utah, którzy byli obserwowani przez 12 lat. Zebraliśmy podstawowe informacje demograficzne, historię rodzinną i medyczną oraz wyniki wieloetapowego badania oceniającego demencję dla wszystkich uczestników. 19 Uczestnicy, którzy zostali włączeni do tego badania, okazali się być pozbawieni demencji na podstawie badania i oceny demencji klinicznej, w tym Skala Oceny Dementi Klinicznej i Mini-Mental State Examination. Wszystkie próbki zostały zsekwencjonowane za pomocą technologii Illumina HiSeq. Wyrównanie przeprowadzono przy użyciu oprogramowania CASAVA, 20 i wywołanie wariantu przeprowadzono przy użyciu SAMtools21 i GATK.15,16
Meta-Analiza Studiów Stowarzyszenia Genomewide
Aby ocenić powiązany polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) rs75932628 (kodujący wariant białka R47H) z ryzykiem choroby Alzheimera, wykorzystaliśmy metaanalizę o odwrotnym wariancji o zmiennym wariancie, łącząc statystyki podsumowujące z trzech badań: Alzheimer s Disease Initiative Consortium (EADI), AddNeuroMed (ANM) oraz ryzyko genetyczne i środowiskowe dla Alzheimer s Disease Consortium (GERAD)
[hasła pokrewne: urolog Wrocław, neurolog Wrocław, kursy fizjoterapia ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: kursy fizjoterapia neurolog Wrocław urolog Wrocław